PNS di lingkungan Setjen MPR tercatat sebagai pegawai yang paling akhir disetujui memperoleh tunjangan kinerja. Semua PNS di K/L sudah terlebih dahulu sejak di mulainya era pemberian tunjangan kinerja di Kemenkeu, BPK dan MA pada tahun 2007 yang lalu. Dengan pertimbangan telah dilaksanakannya reformasi birokrasi di lingkungan Sekretariat Jenderal (Setjen) Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) Republik Indonesia, pemerintah memandang dalam upaya peningkatan kinerja pegawai di lingkungan Setjen MPR RI itu perlu diberikan Tunjangan Kinerja.
Atas dasar pertimbangan tersebut Presiden Joko Widodo tanggal 18 Agustus 2016 telah menandatangani Peraturan Presiden Nomor 78 Tahun 2016 tentang Tunjangan Kinerja Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyaratan Rakyat Republik Indonesia.
Dalam Perpres itu ditegaskan, pegawai (PNS dan pegawai lainnya) yang mempunyai jabatan di lingkungan Setjen MPR RI, selain diberikan penghasilan sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan, diberikan Tunjangan Kinerja setiap bulan.
Tunjangan Kinerja sebagaimana dimaksud tidak diberikan kepada:
- Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia yang tidak mempunyai jabatan tertentu;
- Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia yang diberhentikan untuk sementara atau dinonaktifkan;
- Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia yang diberhentikan dari jabatan organiknya dengan diberikan uang tunggu dan belum diberhentikan sebagai PNS;
- Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia yang diperbantukan/dipekerjakan pada badan/instansi lain di luar lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia; dan
- Pegawai di Lingkungan Sekretariat Jenderal Majelis Permusyawaratan Rakyat Republik Indonesia yang diberikan cuti di luar tanggungan negara atau dalam bebas tugas untuk menjalani masa persiapan pensiun
Tunjangan Kinerja dibayarkan terhitung mulai bulan Januari 2016 dan diberikan dengan memperhitungkan capaian kinerja pegawai setiap bulannya, berikut besaran tunjangan kinerja Setjen MPR: